分享一个PyTorch医学图像分割开源库

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分享一位52CV粉丝Ellis开发的基于PyTorch的专注于医学图像分割的开源库,其支持模型丰富,方便易用。其可算为torchio的一个实例,作者将其综合起来,包含众多经典算法,实用性比较强。

地址在这里:

https://github.com/MontaEllis/Pytorch-Medical-Segmentation

该库特点:

  1. 支持2D和3D医学图像分割,可以修改hparam.py文件来确定是2D分割还是3D分割以及是否可以进行多分类。
  2. 支持绝大数主流分割模型,几乎提供了所有的2D和3D分割的算法。
  3. 兼容几乎所有的医学数据格式(例如 nii.gz, nii, mhd, nrrd, …),修改hparam.py的fold_arch即可。

作者提供了训练和测试推断的代码,简单配置后训练和推断都仅需要一行命令。

已包含的分割模型:

  • 2D
    •  unet
    •  unet++
    •  miniseg
    •  segnet
    •  pspnet
    •  highresnet(copy from https://github.com/fepegar/highresnet, Thank you to fepegar for your generosity!)
    •  deeplab
    •  fcn
  • 3D
    •  unet3d
    •  densevoxelnet3d
    •  fcn3d
    •  vnet3d
    •  highresnert(copy from https://github.com/fepegar/highresnet, Thank you to fepegar for your generosity!)
    •  densenet3d

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